Los integrantes del Claustro Académico del Doctorado en Recursos Naturales y Ecología tiene colaboraciones con investigadores de las siguientes instituciones de educación superior e investigación nacionales e internacionales:
| Institución | |
| 1 | The University of Arizona, USA |
| 2 | Museo de San Diego, USA |
| 3 | Instituto de Geografía, Universidad de la Habana, Cuba |
| 4 | Instituto de Oceanografía, Universidad de la Habana, Cuba |
| 5 | Universidad de Cadis, España |
| 6 | Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal, Universidad Nacional de Córdoba, Argentina |
| 7 | Instituto de Investigaciones en Ecosistemas y Sustentabilidad, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 8 | Centro de Investigaciones en Geografía Ambiental, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 9 | Escuela Nacional de Estudios Superiores, Unidad Morelia, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 10 | Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 11 | Instituto de Geofísica, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 12 | Instituto de Geología, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 13 | Estación Regional del Noroeste, Universidad Nacional Autónoma de México |
| 14 | Instituto de Ecología, A.C. |
| 15 | Laboratorio de Acuicultura, Universidad Autónoma de Nuevo León |
| 16 | Centro de Sanidad Piscícola, Universidad Autónoma de Nuevo León |
| 17 | CUCBA, Universidad de Guadalajara |
| 18 | Facultad de Biología, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo |
| 19 | Instituto de Metalurgia, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo |
| 20 | Instituto de Ciencias Básicas e Ingeniería, Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo |
| 21 | Centro de Investigación y Estudios de Posgrado, Facultad de Ingeniería, Universidad Autónoma de San Luis Potosí |
| 22 | Universidad Autónoma de Morelos |
| 23 | Departamento de Geología, Universidad de Sonora |
| 24 | Colección Científica de Moluscos, Facultad de Ciencias del Mar, Universidad Autónoma de Sinaloa |
| 25 | Universidad del Mar |